Il Dipartimento di Biologia e Biotecnologie UniPv ospita l'hub locale italiano della nf-core hackathon
(English below) Si avvicinano le date della Hackathon di Nextflow organizzata dalla comunità di nf-core: l’evento è gratuito e la partecipazione è possibile sia online che in presenza presso l'hub locale organizzato all’Università di Pavia.
Nextflow è uno strumento sempre piu diffuso per la gestione dei flussi di lavoro, i cui punti di forza sono la scalabilità e la riproducibilità delle analisi. nf-core è una comunità che sviluppa e mantiene pipeline di analisi secondo standard curati di best-practice, abbracciando un ampio spettro di campi della bioinformatica che includono la genomica, la metagenomica, la trascrittomica, la proteomica e la metabolomica.
L’hackathon si terrà online dal 18 al 20 marzo 2024. Si tratta di un evento che si svolge due volte all’anno, in cui la comunità di nf-core si incontra online per una tre giorni di hacking su tutte le tematiche di nf-core. Una minima esperienza con Nextflow e nf-core è suggerita ma ci sono un sacco di attività che nuovi membri della comunità possono svolgere, se desiderano iniziare a contribuire in un ambiente caratterizzato dal supporto e dalla collaborazione con gli altri.
Un training dedicato è disponibile sul sito di Nextflow: chi ha seguito almeno questo training può trovare numerose occasioni per partecipare.
Gli “hub locali” sono luoghi dove i membri della comunità possono ritrovarsi e partecipare assieme all’evento online. L’hub presso l’Università di Pavia è ospitato dal Dipartimento di Biologia e Biotecnologie “L. Spallanzani”, nel laboratorio di Genomica Computazionale.
Partecipare all’hackathon è una esperienza divertente, un’occasione per entrare in contatto con persone sulla stessa lunghezza d’onda e - se veramente non te la senti di contribuire al codice - c’è sempre bisogno di aiuto per migliorare la documentazione, i tutorial o il sito web.
Se tu o qualcuno del tuo team è interessato a partecipare a questo evento, dai un’occhiata alla pagina sul sito web di nf-core per maggiori informazioni su come registrarsi e sull’agenda delle giornate.
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The nf-core hackathon is approaching: the event is free and can be attended either online or in-person at the local hub hosted at the University of Pavia.
Nextflow is a highly popular workflow system that emphasises scalable and reproducible scientific workflows. nf-core is a community that builds and maintains best-practices curated analysis pipelines, spanning a wide range of bioinformatics domains that include genomics, metagenomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics.
The hackathon is being held online and in person at local hubs on March 18th – 20th. It is an event organised twice a year where the nf-core community gathers online for 3 days of hacking all things nf-core. Some experience with Nextflow and nf-core is desirable but there are lots of tasks for new community members who want to start contributing within a supportive environment.
A basic training is available on the Nextflow website.
Provided you have at least followed the training, there’s room for everyone to participate.
'Local Hubs" are sites where community members can gather in-person and attend the online event together. The one at the University of Pavia is hosted by the Department of Biology and Biotechnology "L. Spallanzani", Laboratory of Computational Genomics.
Attending the hackathon is a fun experience, a chance to be in touch with lots of like-minded people and - should you really not feel like contributing code - there’s always help wanted for improving documents, tutorials, and the website.
If you or anyone on your team is interested in attending this event, please see the event page on the nf-core website for information on how to register and more detailed schedule.